Devenu le haut lieu de la célébration du mythe cathare et le sujet d'élucubrations ésotériques les plus fantaisistes, Montségur appartenait depuis le XIIe s. à la famille de Péreille, qui le tenait du comte de Foix, étant précisé que le comte de Toulouse en était suzerain, comme du reste du comté. En 1200, il était inoccupé et sans doute fortement délabré. Il appartenait alors à Raymond de Péreille, qui le tenait de sa mère Forneira (ou Fournière) de Péreille, devenue Parfaite. Raymond, qui était fils de Guilhem-Roger, coseigneur de Mirepoix, avait un frère aîné, Arnaud-Roger, lequel hérita de la coseigneurie de Mirepoix.

Vers 1204, le diacre cathare de Mirepoix lui demanda de rebâtir Montségur. Démarche singulière, car à cette époque la Contre-Eglise n'était pas encore menacée; les Parfaits vivaient au grand jour, prêchaient et consolaient sans crainte d'être persécutés. Mais la région de Mirepoix était alors un des principaux centres de diffusion du catharisme. Il est donc possible, et même probable, que les dignitaires cathares, informés de la position d'Innocent III et de ses projets destructeurs, aient voulu disposer d'un refuge en cas de péril. Lorsque le château fut rebâti, Raymond de Péreille y accueillit sa mère Forneira. Elle tint dès lors une maison de Parfaites et de novices. Il y eut donc à Montségur, dès avant la croisade, une communauté cathare. On peut penser que des Parfaits vinrent aussi s'y installer: tous n'étaient pas taillés pour la prédication; il y avait parmi eux les penseurs, les méditatifs. Peut-être les malades, les vieillards venaient-ils y finir leurs jours. Il est éga-lement probable que l'on y déposait les sommes considérables que détenait la Contre-Eglise. Certains venaient recevoir le Consolament et les simples croyants se ressourcer. Montségur devint un lieu de pèlerinage, avant d'être le haut-lieu du catharisme et son ultime citadelle.

Lorsque la croisade se déchaîna, lorsque Béziers, Carcassonne, les places du Minervois, de la Montagne Noire et des Corbières tombèrent aux mains de Simon de Montfort, il y eut un exode massif de Parfaits, de faidits et Montségur servit de refuge provisoire. Raymond de Péreille s'y installa définitivement avec sa famille. Malgré les coupes sombres pratiquées par les croisés, la Contre-Eglise n'était nullement abattue. Elle combla ses vides et se réorganisa. Montségur devint le centre de cette réorganisation. De là partaient les ordres, les directives, les informations. De là descendaient ceux que l'on envoyait en mission. C'était vers cette montagne sacrée que convergeaient les Parfaits et les Parfaites, les faidits les plus compromis, les agents de renseignements bénévoles ou stipendiés. Montségur était désormais la " tête et le siège" de l'hérésie. Curieusement les croisés l'épargnaient : ils n'ignoraient point son existence, mais cette forteresse perdue dans son massif montagneux passait à juste raison pour inexpugnable. D'ailleurs, Simon de Montfort était trop occupé à combattre pour perdre des mois au pied de ce pic. Au concile du Latran (1215), le nom de Montségur émergea pour la première fois des brumes qui l'enveloppaient. L'évêque Foulques de Toulouse reprocha au comte de Foix de l'avoir fait construire pour servir de refuge aux cathares. Raymond-Roger de Foix prétendit qu'il n'était pas responsable de ce qui se passait à Montségur, cette place ne relevant pas de son autorité.

Aux heures les plus sombres, ni l'évêque Guilhabert de Castres, ni les diacres, ni les Parfaits n'interrompirent leur apostolat ; ils bénéficiaient d'escortes, de relais sûrs, de châteaux oubliés par les conquérants et de ... leur propre courage. Ils redescendirent en masse de Montségur lorsque Raymond VII eut libéré ses Etats. L'invasion de l'armée royale, la conquête foudroyante des vicomtés Trencavel, les contraignirent à se replier dans leur citadelle religieuse. Le traité de Paris (1229) acheva de les mettre hors-la-loi. Mais ce fut la création de l'Inquisition qui leur porta le coup suprême, les réduisit à une clandestinité dont les périls croissaient à mesure que les inquisiteurs remplissaient leurs registres et qu'ils obtenaient des abjurations. Ils vécurent dès lors dans un climat de terreur, mais poursuivirent presque tous leur mission avec un héroïsme qui s'accordait merveilleusement à l'esprit de sacrifice enseigné par leur dogme. Quelques-uns - fort rares - ne résistaient pas à l'épreuve et cédaient à la tentation de sauver une existence qu'on leur avait pourtant appris à mépriser. Leur réconciliation avec l'Eglise romaine était facilitée par les dénonciations. Ces malheureux compromettaient par lâcheté leurs frères et les meilleurs des croyants.