Des réseaux entiers de résistance à l'adversaire étaient anéantis par leur faute. Le meurtre des inquisiteurs d'Avignonet ne fut pas seulement une vendetta, ni même un acte politique, mais d'abord une mesure de prudence. Guillaume Arnaud et ses compagnons avaient eu l'imprudence de se rapprocher un peu trop près de Montségur. Il fallait préserver les refuges, les relais, les allées et venues des Parfaits.

Un peu avant l'instauration de l'Inquisition par Grégoire IX, l'évêque Guilhabert de Castres, son filius major Bernard de Lamothe, divers autres dignitaires et une députation de Parfaits étaient venus demander à Raymond de Péreille la permission de faire de Montségur la capitale du catharisme. Montségur l'était de fait. Cependant Raymond de Péreille restait libre de se sou-mettre comme tant d'autres seigneurs qui s'accommodaient de l'occupation "française". Il hébergeait les Parfaits et les Parfaites, mais il gardait le droit de les expulser en cas de nécessité. De plus, accepter que son château devînt le siège de l'Eglise cathare, c'était se mettre aux ordres de celle-ci. C'était surtout assumer la protection de ses dignitaires, quoi qu'il arrivât. Raymond de Péreille hésita beaucoup, mais finit par accepter.

Dès lors, Montségur abrita une communauté cathare de plusieurs centaines de personnes, hommes et femmes. Il fallut certainement adjoindre des bâtiments, maisons et petits ateliers, car les Parfaits continuaient à travailler et à vendre ce qu'ils fabriquaient. Cette population permanente posait des problèmes de ravitaillement, d'autant plus que les pèlerins étaient nombreux à venir visiter des Parfaits ou des Parfaites qui étaient leurs parents, et sinon pour entendre la bonne parole et se revivifier au milieu des tribulations de la vie quotidienne. Le village en bas de la montagne était devenu une sorte de marché, un lieu d'échanges indispensables. Si chaque Parfait ne possédait rien en propre, l'Eglise cathare était riche. Elle aida certainement Raymond de Péreille à recruter et à entretenir une garnison composée de soldats d'élite, volontaires ou non. Il avait fait venir Pierre-Roger de Mirepoix , rude homme de guerre et faidit, auquel il confia le commandement militaire de la place. Il lui donna même sa fille Philippa en mariage. Au moment du siège, il disposait de dix-sept chevaliers, la plupart étant ses parents, de neuf écuyers et d'une soixantaine d'archers et d'arbalétriers. Nombre d'entre eux avaient amené leur femme ou leur maîtresse, leurs enfants, leurs domestiques Tous étaient croyants sincères; beaucoup le prouveront au dernier moment. Les Péreille, les Mirepoix, les du Mas, les Congost appartenaient à des familles enracinées dans le catharisme depuis plusieurs générations. Avec la communauté religieuse, la population de Montségur formait un village de quatre à cinq cents personnes, dont moins d'une centaine de combattants. Il est aisé de voir que l'enceinte actuelle n'aurait pu contenir un tel nombre d'habitants; la promiscuité y eût été insoutenable. Outre la famille seigneuriale, celles des faidits et des soldats, elle abritait des entrepôts, des chevaux, du fourrage. Les vivres devaient tenir une place considérable. Pierre-Roger de Mirepoix se chargeait de les collecter, en pratiquant au besoin des raids dans les vallées environnantes. Avec les années, la forteresse s'était chargée d'une signification supplémentaire. Elle était devenue le symbole de la résistance à l'oppresseur, le reliquaire de la patrie perdue. Tout avait succombé, tout se "francisait" , hormis l'inaccessible citadelle-église des cathares, comme suspendue en plein ciel. Pourtant, l'étau se resserrait. Raymond de Péreille savait qu'à bref délai il lui faudrait soutenir un siège. Il ne vivait plus que dans cette attente. Les hourds avaient été posés, exhaussant les remparts principaux et les barbacanes, dont la plus exposée, celle de l'est. Les réserves regorgeaient d'armes et de munitions. On avait fait le plein de vivres. Les soldats gardaient leur entrain : ils avaient confiance dans le système défensif, plus encore dans les abîmes qui s'ouvraient sous leurs pieds. On leur avait dit que le comte de Toulouse ne laisserait pas prendre la forteresse, qu'il enverrait une armée de secours. L'assassinat des inquisiteurs à Avignonet les avait réjouis. Plusieurs s'étaient portés volontaires pour cette expédition. Les deux chefs de la communauté cathare étaient alors Bertrand Marty et Raymond Agulher, évêque du Razès. Marty avait succédé à Guilhabert de Castres, mort depuis quelques années, sans doute de vieillesse ou d'épuisement.

Le concile de Béziers avait décidé de frapper l'hydre de l'hérésie à la tête. C'était l'inévitable sanction du massacre d'Avignonet. Quand bien même Raymond VII eût voulu sauver Montségur, il n'en avait pas la possibilité. Le traité de Lorris le ligotait. Il avait d'ailleurs l'intention de se rendre à Rome, afin d'obtenir la levée de l'excommunication prononcée contre lui par l'archevêque de Narbonne et par l'inquisiteur, Frère Ferrier. On disait aussi qu'il voulait rencontrer l'empereur. Ce ne fut donc pas à lui que l'on s'adressa pour assiéger Montségur, mais à Hugues des Arcis, sénéchal de Carcassonne. L'armée royale étant trop peu nombreuse, Hugues réquisitionna des hommes en état de porter les armes et des chevaliers de la région, soi-disant ralliés. Ses effectifs ne durent jamais dépasser deux mille combattants, dont une assez forte proportion manquait de zèle, sinon de loyalisme. Il avait assez d'expérience pour comprendre que Montségur ne pouvait être emporté d'assaut. On ne pouvait davantage le bombarder, en raison de son altitude et de l'obliquité des escarpements. il comptait donc le réduire par la famine ou par la soif. C'est pourquoi il vint mettre le siège en mai (1243), espérant que la canicule tarirait promptement les citernes.